设计院的管理体制行政上为院长领导下的院务会负责制，院务会成员由副院长、总工程师等人员组成。管理职能部门有办公室、总工办、计划经营办、各设计所（部）和研发中心等。企业经营机制为法人领导下的项目经理负责制，项目负责人是设计院在工程项目上的代表，全面负责受委托的项目设计工作。